A l'issue de la saison 1955, Mercedes annonce son retrait du sport automobile. Une décision qui doit beaucoup au drame des 24 heures du Mans mais aussi au sentiment pour la firme à l'étoile de n'avoir plus rien à prouver en sport automobile après deux saisons de domination sans partage en Formule 1. À 44 ans, Fangio estime qu'il est peut-être également temps pour lui de tirer sa révérence au sommet et envisage sérieusement d'arrêter la Formule 1. Mais c'est sans compter sur le renversement en septembre 1955 du Général Peron. Même si Fangio a toujours su éviter de se faire instrumentaliser par la propagande peroniste, il est de notoriété publique qu'il est un des "protégés" du Président déchu, et de ce fait, il craint que ses biens en Argentine ne lui soient confisqués par les nouveaux dirigeants. Ce sentiment l'incite à poursuivre sa carrière au plus haut niveau, afin de se mettre à l'abri du besoin. Il parvient à négocier un juteux contrat avec Ferrari (qui sort d'une saison 1955 ratée, mais qui a récupéré les Lancia D50 au potentiel si prometteur).
Victorieux du GP d'Argentine (victoire partagée avec Luigi Musso puisque Fangio a été victime d'ennuis d'alimentation sur sa propre voiture), Fangio termine ensuite deuxième du GP de Monaco, cette fois en partageant les points avec Peter Collins qui lui a cédé sa voiture à contre-c½ur après que l'Argentin ait martyrisé la sienne contre les trottoirs de la Principauté, conséquence d'un pilotage inhabituellement approximatif. Les malheurs de Fangio se poursuivent à Spa, où sa transmission le trahit alors qu'il est en tête puis à Reims, où il est retardé par une fuite d'huile et doit se contenter de la quatrième place. Les ennuis mécaniques à répétition rencontrés par Fangio empoisonnent progressivement ses rapports avec Enzo Ferrari, qu'il accuse ouvertement de favoriser au championnat le jeune Peter Collins. De son côté, Ferrari pointe du doigt les insuffisances de Fangio (notamment sa course ratée de Monaco) et réfute les accusations implicites de "sabotage" en rappelant que depuis le début de saison, l'Argentin a bénéficié à deux reprises des consignes de course.
La sulfureuse ambiance s'apaise à partir du GP de Grande-Bretagne, que Fangio remporte avec brio, avant d'enchaîner par un nouveau succès au Nürburgring. Propulsé largement en tête du championnat du monde avant d'aborder l'ultime manche en Italie, Fangio ne compte plus que deux adversaires: son coéquipier Collins, et le Français Jean Behra. L'abandon de Fangio sur bris de direction est une véritable aubaine pour Collins, qui n'est toutefois pas en position d'être titré. Le Britannique va même jusqu'à renoncer volontairement à ses maigres chances d'être titré en s'arrêtant aux stands pour "partager" sa voiture avec Fangio, lequel décroche donc son quatrième titre mondial.
Malgré ce nouveau titre, les tensions entre Fangio et la direction de Ferrari ont atteint un point de non retour et les deux parties se séparent sans regrets en fin d'année.
champion du monde 1956 avec ferrari
